Legislator Rechtsprechung & Gesetzgebung
2C_696/2013 KI-generiert

Corporation Loss Carry-Forward Refused Due to Prior Binding Positive Assessment

Geschäftsnummer 2C_696/2013
Gericht / Behörde
Rechtsordnung Schweiz · Bundesgericht (BGer / BGE) (CH)
Entscheiddatum
Ausgang Gutgeheissen (Allowed)

Legislator-Zusammenfassung

KI-generiert

The case involves a tax dispute between a company and the Tax Authority of a Swiss canton concerning the deduction of loss carryforwards over multiple tax years (2005-2007) following a merger. The company had previously absorbed losses from another company during this merger and sought to offset those losses against its taxable profits in subsequent years. The Tax Authority initially denied the deduction for state and municipal taxes, resulting in the company being assessed with significant taxable income for those years. While the company successfully appealed regarding federal taxes, it continued to pursue relief for state and municipal taxes through multiple appeals, citing prior judicial decisions which could support its position on the deductibility of losses. The case raised the broader issue of whether a positive assessment in a previous tax period precludes the carryover of losses for future periods.

Legislator-Regeste

KI-generiert

Art. 83 BGG, Art. 90 BGG, Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG, Art. 106 Abs. 1 BGG, Art. 106 Abs. 2 BGG, Art. 105 Abs. 1 BGG; Corporation Loss Carry-Forward Refused Due to Prior Binding Positive Assessment: The company had previously absorbed losses from another company during this merger and sought to offset those losses against its taxable profits in subsequent years. The Tax Authority initially denied the deduction for state and municipal taxes, resulting in the company being assessed with significant taxable income for those years. While the company successfully appealed regarding federal taxes, it continued to pursue relief for state and municipal taxes through multiple appeals, citing prior judicial decisions which could support its position on the deductibility of losses. The case raised the broader issue of whether a positive assessment in a previous tax period precludes the carryover of losses for future periods.

Schlagwörter

KI-generiert
Staats- und Gemeindesteuern 2005, 2006, 2007 entgangener Gewinn Rechtssicherheit Unternehmenssteuer Steuerveranlagungen Einkommensermittlung Steuervorbescheid

Zitierte Gesetzesbestimmungen

KI-generiert

Zitierte Rechtsprechung

KI-generiert
KI-generiert

Zentrale Rechtsfragen, extrahiert von Legislator

KI-generiert
Art. 66 Abs. 1 BGG

Used to order the court costs against the losing party (Beschwerdegegnerin).

Art. 67 BGG

Used to remit jurisdiction for ordering the costs of the previous cantonal proceedings to the lower court (Vorinstanz).

Art. 68 Abs. 3 BGG

Used to deny party compensation (Parteientschädigung).

Fragen Sie sich, wie dieser Entscheid auf Ihren Fall anwendbar ist?

Prüfen Sie diesen Entscheid zusammen mit Bundesrecht, kantonalen Erlassen, Kommentaren und Folgeentscheiden in Legislator AI.

Fall in Legislator öffnen →

Spätere Entscheide, die dieses Urteil zitieren (21)

100 2016 302 (2017-08-11) · be
Corporate Taxpayer v. Tax Authorities on Loss Carryforward Period After Change in Fiscal Year
«…en Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 der Bundesverfassung [BV; SR 101]) Nachachtung verschafft werden soll (vgl. BGer 2C_696/2013 vom 29.4.2014, in ASA 83 S. 338 E. 3.1; Andreas Helbing/Michael Felber, a.a.O., Art. 67 N. 3). Demnach ist im Rahmen ei…»
9C_134/2024 (2024-08-22)
Corporation v. Tax Authorities on Disallowed Prior-Year Loss Carry-Forwards Due to Binding Positive Assessments
«…hen Jahr mit Gewinn zu verrechnen; Verzögerungen sind unzulässig (Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung; vgl. Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.1; 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1). 2.2. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung folgt…»
9C_364/2023 (2024-08-12)
Loss Carry-Forward Refused Due to Finality of Prior Tax Assessment
«…dern ist der Abzug nur zulässig, wenn er in vorausgehenden Jahren nicht berücksichtigt werden konnte (vgl. u.a. Urteile 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.1; 2C_33/2009 vom 27. November 2009 E. 3). 2.1.2. Nach dem Gebot der ungesäumten Verlustverrec…»
3.BB.2021.18 (2023-11-23) · ag
Federal Tax Write-Downs Disallowed for 2016 Investments
«…ns erfolgen, wenn in guten Treuen angenommen werden muss, dass die Forderung uneinbringlich geworden ist (Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.1)." 5.10.2. Nach Auffassung des Spezialverwaltungsgerichtes ist eine Abschreibung de…»
2020 (2021-12-17) · zh
Tax Loss Carryforward Transfer in Asset Contribution Restructuring
«…rd dem Grundsatz der Besteu- erung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit Rechnung getragen (BGr, 29. April 2014, 2C_696/2013 E. 3.1; BGr, 27. November 2009, 2C_33/2009 E. 3.2, = StE 2010 B 23.9 Nr. 13). Gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG und § 70 Abs. 1…»
3.RV.2019.61 (2021-10-21) · ag
Construction Consortium Loss Deductible in 2008
«…sich zur Verlustverrechnung bei Veranlagung mit positivem Einkommen in der Folgeperiode mit Urteil vom 29. April 2014 (2C_696/2013) wie folgt geäussert: "3.1 (…) Mit dieser gesetzlich vorgesehenen Möglichkeit, Gewinne mit früheren…»
3.RV.2020.74 (2021-06-24) · ag
Company Tax Loss Carryforward Appeal Dismissed
«…r Frage der Verrechnung von Vorjahresver- lusten bei in der Vorperiode veranlagtem Gewinn im Urteil vom 29. April 2014 (2C_696/2013) wie folgt geäussert: "3. 3.1. Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reinge- w…»
2C_526/2020 (2020-10-20)
Taxpayer Lacks Legal Interest to Challenge Zero Tax Assessment Based on Loss Carry-Forwards
«….1 S. 119 f.; Urteile 2C_124/2019 vom 7. Februar 2019 E. 3.1; 2C_253/2014 und 2C_254/2014 vom 11. Dezember 2014 E. 3.2; 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.2 f.; zum Interesse an der Beurteilung der zeitlichen Verrechenbarkeit eines Verlustvortrags…»
2C_509/2020 (2020-10-07)
Taxation of Imputed Rental Value of Unused Inherited Apartment
«…Steuerperioden immer wieder infrage gestellt werden (vgl. u.a. BGE 140 I 114 E. 2.4 S. 119 ff. mit Hinweisen; Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.2 in: ASA 83 S. 131). Im Übrigen ist, entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin, die zeitli…»
B.2019.262.B.2019.2 (2020-05-16) · sg
Taxpayer Standing to Appeal Zero Tax Assessment After Loss Carryforwards
«…d angehobenen Beschwerdeverfahren berechtigten könnte (vgl. BGer 2C_253/2014, 2C_254/2014 vom 11. Dezember 2014 E. 3.2; 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.3). 3.4. Indes gibt es Fälle, wo Steuerentscheide über eine bestimmte Steuerperiode hinaus R…»
B.2019.262.B.2019.263 (2020-05-16) · sg
Taxpayer Lacks Standing to Challenge Zero Assessment Due to Loss Carryforward
«…d angehobenen Beschwerdeverfahren berechtigten könnte (vgl. BGer 2C_253/2014, 2C_254/2014 vom 11. Dezember 2014 E. 3.2; 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.3). 3.4. Indes gibt es Fälle, wo Steuerentscheide über eine bestimmte Steuerperiode hinaus R…»
B.2019.262.B.2019.2 (2020-05-16) · sg
Taxpayer Lacks Standing to Challenge Zero Assessment Based on Unsettled Loss Carryforward
«…d angehobenen Beschwerdeverfahren berechtigten könnte (vgl. BGer 2C_253/2014, 2C_254/2014 vom 11. Dezember 2014 E. 3.2; 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.3). 3.4. Indes gibt es Fälle, wo Steuerentscheide über eine bestimmte Steuerperiode hinaus R…»
2C_57/2018 (2020-01-23)
Canton of Aargau Tax Office v. Cooperative on Hidden Reserves from IP Spin-off
«…in der Steuerperiode 2012 stattgefunden (vgl. zum Periodizitätsprinzip BGE 137 II 353 E. 6.4.3 ff. S. 362 ff.; Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2013 E. 3.1). 7.2. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Es ist unbestritten, dass die Umstruktur…»
2C_972/2018 (2019-10-02)
Disallowed Late Write-Offs of Franchise Fee Receivables on Principle of Periodicity
«…pätestens erfolgen, wenn in guten Treuen angenommen werden muss, dass die Forderung uneinbringlich geworden ist (Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.1). 4.6. Für Abschreibungen ist der Steuerpflichtige - wie für steuermindernde Tatsachen im…»
2C_197/2017 (2018-06-15)
Taxpayer Appeal on Imputed Rental Value for Unused Horse Stalls
«…Steuerperioden immer wieder infrage gestellt werden (vgl. u.a. BGE 140 I 114 E. 2.4 S. 119 ff. mit Hinweisen; Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2014 E. 3.4.2 in: ASA 83 S. 131). Damit steht im Einklang, dass die Steuerverwaltung unter Umständen von…»

Volltext

Bundesgericht

Tribunal fédéral

Tribunale federale

Tribunal federal

{T 0/2}

2C_696/2013

Urteil vom 29. April 2014

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung

Bundesrichter Zünd, Präsident,

Bundesrichter Seiler, Bundesrichterin Aubry Girardin, Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,

Gerichtsschreiber Egli.

Verfahrensbeteiligte

Kantonales Steueramt Zürich ,

Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich,

Beschwerdeführer,

gegen

A.________ AG,

Beschwerdegegnerin,

vertreten durch Herrn Dr. Walter Jakob,

Gegenstand

Staats- und Gemeindesteuern 2005, 2006, 2007,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 12. Juni 2013.

Sachverhalt:

A. Die A.________ AG (bzw. ihre Rechtsvorgängerin) hatte per 30. November 2004 im Rahmen einer Fusion sämtliche Aktiven und Passiven der B.________ AG übernommen. In der Steuererklärung 2004 brachte die A.________ AG den Verlustvortrag der B.________ AG von Fr. 28'482'740.-- vom ausgewiesenen Reingewinn des Geschäftsjahres 2004 in Abzug. In der Folge verweigerte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteilen vom 18. November 2009 den Verlustabzug sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004.

Die A.________ AG zog das Urteil des Verwaltungsgerichts hinsichtlich der direkten Bundessteuer ans Bundesgericht weiter, während sie dasjenige bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern in Rechtskraft erwachsen liess. Das Bundesgericht erkannte (im zweiten Rechtsgang) mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 auf Zulässigkeit des Abzugs der Vorjahresverluste und setzte den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004 auf Fr. 0.-- fest.

B. In den Steuererklärungen 2005, 2006 und 2007 brachte die A.________ AG den um den Gewinn 2004 gekürzten, verbleibenden Verlustvortrag der B.________ AG zum Abzug, wonach sich für jede der drei Steuerperioden ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.-- ergab. Das Kantonale Steueramt Zürich verweigerte mit Einschätzungsentscheiden vom 25. Mai 2011 bzw. Einspracheentscheid vom 5. April 2012 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern die Verlustverrechnung und schätzte die A.________ AG mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 5'854'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2005), Fr. 4'919'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2006) und Fr. 5'440'600.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2007) ein. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht am 28. Juni 2012 ab. Die anschliessende Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht am 12. Juni 2013 gut und setzte den steuerbaren Reingewinn für die Steuerperioden 2005 bis 2007 auf jeweils Fr. 0.-- fest.

C. Vor Bundesgericht beantragt das Kantonale Steueramt Zürich, den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Juni 2013 aufzuheben und den Einspracheentscheid vom 5. April 2012 zu bestätigen.

Die A.________ AG und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) verzichtet auf Vernehmlassung.

D. Das Bundesgericht hat die Angelegenheit am 29. April 2014 öffentlich beraten.

Erwägungen:

1.

1.1. Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann ( Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG ). Das Kantonale Steueramt Zürich ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG i.V.m. Art. 73 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) zur Beschwerde befugt (siehe auch § 154 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [LS 631.1; nachfolgend: StG/ZH]; BGE 134 I 303 E. 1.2 S. 305 f.; 134 II 124 E. 2.6.3 S. 130 f.). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.

1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an ( Art. 106 Abs. 1 BGG ), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht ( Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG ), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind ( BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist ( Art. 106 Abs. 2 BGG ; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; Urteil 2C_124/2013 vom 25. November 2013 E. 1.6).

Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür und unterliegt den erhöhten Rügeanforderungen des Art. 106 Abs. 2 BGG ( BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.).

1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde ( Art. 105 Abs. 1 BGG ), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG ( Art. 105 Abs. 2 BGG ). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG ; vgl. zum Ganzen BGE 139 II 404 E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).

2. Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin für die Staats- und Gemeindesteuern in der Steuerperiode 2004 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 2'759'800.-- veranlagt wurde. Weiter ist unbestritten, dass - entsprechend dem vom Bundesgericht mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 betreffend die direkte Bundessteuer 2004 Entschiedenen - die Beschwerdegegnerin den Verlust, den sie im Rahmen der Fusion von der B.________ AG übernahm, auch für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 hätte zur Anrechnung bringen können. Schliesslich ist unbestritten, dass bei Anrechnung dieses Verlustes - also im Umfang von Fr. 2'759'800.-- und damit Veranlagung mit einem Gewinn von Fr. 0.-- in der Steuerperiode 2004 - der ab Steuerperiode 2005 noch verbleibende verrechenbare Verlust Fr. 25'722'900.-- betragen hätte.

Streitig ist dagegen, ob die Beschwerdegegnerin diesen verbleibenden Verlust von Fr. 25'722'900.-- in den Steuerperioden 2005, 2006 und 2007 mit ihren Gewinnen verrechnen kann, obschon sie in der Steuerperiode 2004 rechtskräftig mit einem Gewinn eingeschätzt wurde.

3.

3.1. Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reingewinn ( Art. 24 Abs. 1 StHG ; § 63 StG /ZH). Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten ( Art. 25 Abs. 2 StHG ; § 70 Abs. 1 StG /ZH). Die Regelung bei der direkten Bundessteuer stimmt damit inhaltlich überein ( Art. 57 und 67 DBG [SR 642.11]; Urteil 2C_1027/2011 / 2C_1028/2011 vom 14. Juni 2012 E. 5, in: StR 67/2012 S. 593).

Mit dieser gesetzlich vorgesehenen Möglichkeit, Gewinne mit früheren Verlusten zu verrechnen, wird das im Steuerrecht geltende Periodizitätsprinzip durchbrochen, um bis zu einem gewissen Grad dem Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit gerecht zu werden (vgl. z.B. Urteil 2C_33/2009 vom 27. November 2009 E. 3.2, publ. in: StE 2010 B 23.9 Nr. 13). Soll das Periodizitätsprinzip nicht ausgehöhlt werden, können die mit ihm verbundenen Härten aber nicht vollständig beseitigt werden. Das Gesetz selbst beschränkt die Verrechnungsmöglichkeit daher in zweierlei Hinsicht: Zum einen können Verluste höchstens aus den sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren geltend gemacht werden; zum andern ist der Abzug nur zulässig, wenn er in vorausgehenden Jahren nicht berücksichtigt werden konnte ( AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 2 zu Art. 67 DBG ; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 6 zu Art. 67 DBG ). Hat es die steuerpflichtige Person versäumt, in einer früheren Steuerperiode einen Verlust bzw. einen Verlustvortrag vom Reingewinn abzuziehen, kann die Verlustverrechnung in einer späteren Steuerperiode nicht nachgeholt werden. Verluste sind stets im nächstmöglichen Jahr mit Gewinn zu verrechnen; Verzögerungen sind unzulässig (Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung; Urteil 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1 mit Hinweisen, in: StR 58/2003 S. 365).

Das Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung - mitunter auch "Verrechnungszwang" genannt - ist als solches in Lehre wie Praxis anerkannt. Kontrovers diskutiert wird dagegen, ob daraus folgt, eine spätere Berücksichtigung von Verlustüberschüssen sei generell ausgeschlossen, wenn eine rechtskräftige Veranlagung nicht auf Null gelautet hat (so BRÜLISAUER/HELBING, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 9 zu Art. 67 DBG ; ROBERT DANON, in: Commentaire romand LIFD, 2008, N. 9 zu Art. 67 DBG ; KUHN/BRÜLISAUER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, 2. Aufl. 2002, N. 46 zu Art 25 StHG ; BERNHARD F. SCHÄRER, Verlustverrechnung von Kapitalgesellschaften im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, 1997, S. 68 f.; a.M. - zumindest mit Bezug auf die ordentliche Veranlagung - R EICH/WALDBURGER, Rechtsprechung im Jahr 2006 (1. Teil), FStR 2007 S. 228 ff., 237 ff.; J ULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2. Aufl. 2011, S. 142; ROLF BENZ, Ordentliche Verlustverrechnung bei selbständig Erwerbenden nach Art. 211 DBG , zsis) 2010, Monatsflash Nr. 7, Ziff. 3.6.2; ROMAN BLÖCHLIGER, Die Nachholung der in früheren Jahren unterlassenen Verlustverrechnung, StR 2006 S. 578 ff., 580 f.; FRANK LAMPERT, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 154; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 6 zu § 29 StG /ZH; FELIX SCHALCHER, Die Sanierung von Kapitalgesellschaften im schweizerischen Steuerrecht, 2008, Rz. 186).

3.2. Das Bundesgericht hat den Verrechnungsausschluss bei positiver Veranlagung bereits im Urteil 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1, publ. in: StR 58/2003 S. 365 ff., mit folgender Begründung bejaht: "Wird die juristische Person in einer Steuerperiode zu einem Reingewinn veranlagt und ficht sie diese Veranlagung nicht an, können Verluste aus dem massgeblichen Geschäftsjahr bzw. die Verlustüberträge aus früheren Geschäftsjahren in den nachfolgenden Steuerperioden (...) nicht mehr zum Abzug gebracht werden. Da die Verlustverrechnung nicht aufgeschoben werden darf, rechtfertigt der Verzicht auf die Ergreifung eines Rechtsmittels gegen eine derartige Veranlagung die Annahme, dass keine verrechenbare Verluste (mehr) vorliegen. Insofern liegt über das Bestehen von Verlusten bzw. über deren vollständige Kompensation mit Gewinnen bis und mit Abschluss des zuletzt steuerlich erfassten Geschäftsjahres ein rechtskräftiger Entscheid vor, auf welchen nicht mehr zurückgekommen werden kann, es sei denn, die Voraussetzungen einer Revision seien erfüllt. Dies im Unterschied zu einer Veranlagung zu einem Reingewinn von Fr. 0.--; eine solche lässt die Möglichkeit der Verlustverrechnung nicht untergehen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.192/2000 vom 9. Mai 2001, publ. in: RDAF 2001 II S. 261 ff., E. 1)."

Diese Rechtsprechung hat das Bundesgericht in der Folge mehrfach bestätigt (Urteile 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65; 2C_240/2011 vom 8. April 2011 E. 2, in: StR 66/2011 S. 679; 2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886; je mit Hinweisen).

3.3. Die Vorinstanz setzt sich von dieser Praxis ab und begründet dies namentlich damit, angesichts der neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts könne am generellen Vorrang des Periodizitätsprinzips bei der Verlustverrechnung insoweit nicht festgehalten werden, als dieser zur unwiderlegbaren Vermutung führe, nach einer positiven Einschätzung seien alle Vorjahresverluste verrechnet. Ein Verstoss gegen den Grundsatz der ungesäumten Verlustverrechnung dürfe der steuerpflichtigen Person zwar keinen Vorteil verschaffen, diese sei aber grundsätzlich auch nicht schlechter zu stellen, wie wenn sie sich an die Regeln gehalten hätte. Folglich müsse der steuerpflichtigen Person grundsätzlich die Möglichkeit offenstehen, die Vermutung fehlender verrechenbarer Verlustvorträge zu entkräften und allfällige noch nicht verrechnete Verlustvorträge rechtsgenügend geltend zu machen und nachzuweisen.

3.4. Die Änderung einer Rechtsprechung muss sich auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Hinblick auf das Gebot der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung für zutreffend erachtet worden ist. Eine Praxisänderung lässt sich grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht ( BGE 138 III 359 E. 6.1 S. 361; 137 V 314 E. 2.2 S. 316; 135 II 78 E. 3.2 S. 85 mit Hinweisen).

3.4.1. Die Vorinstanz verweist darauf, dass das Bundesgericht das Periodizitätsprinzip nicht in der Weise strikt handhabt, dass es der Abschreibung einer uneinbringlich gewordenen Forderung schon deshalb entgegensteht, weil in einer früheren Periode eine Wertberichtigung der damals schon zweifelhaft gewordenen Forderung hätte vorgenommen werden sollen ( BGE 137 II 353 ). Das ist zwar richtig, das Bundesgericht hat aber präzisiert, dass die Abschreibung, um steuerlich berücksichtigt zu werden, spätestens zu erfolgen hat, wenn in guten Treuen angenommen werden muss, dass die Forderung uneinbringlich geworden ist ( BGE 137 II 353 E. 6.4.5 S. 365). Für die hier strittige Frage der Verlustrechnung lässt sich aus diesem Entscheid nichts ableiten. Vielmehr hat das Bundesgericht in Bestätigung seiner konstanten Praxis auch jüngst festgehalten, dass eine positive Gewinnveranlagung für künftige Veranlagungsperioden die nicht widerlegbare Vermutung begründet, alle verrechenbaren Verluste seien bereits berücksichtigt worden (vgl. oben E. 3.2).

3.4.2. Wohl trifft es zu, dass sich die Rechtskraft eines Steuerentscheids grundsätzlich (nur) auf das Dispositiv und zeitlich auf die jeweilige Steuerperiode erstreckt ( BGE 140 I 114 E. 2.4 S. 119 ff. mit Hinweisen; aus der Lehre z.B. LAMPERT, a.a.O., S. 154; REICH/ WALDBURGER, a.a.O., S. 238). Indes gibt es Fälle, wo Steuerentscheide über eine bestimmte Steuerperiode hinaus Rechtskraftwirkung entfalten (vgl. bereits BGE 81 I 5 S. 8). So verhält es sich vorliegend: Eine positive Gewinneinschätzung schliesst notwendigerweise die Feststellung mit ein, dass kein verrechenbarer Verlustvortrag (mehr) vorhanden ist. Dabei handelt es sich um die Feststellung einer dauernden, von den besonderen Verhältnissen der einzelnen Steuerperiode grundsätzlich unabhängigen Rechtslage; der Entscheid wirkt daher periodenübergreifend ( MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 26 Rz. 113). Folglich schliesst eine nicht auf Null lautende rechtskräftige Gewinneinschätzung die spätere Berücksichtigung von Verlustüberschüssen generell aus, und zwar unabhängig davon, ob die frühere Einschätzung als solche nach pflichtgemässem Ermessen oder als ordentliche ergangen ist (Urteile 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65; 2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886; je mit Hinweisen; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 9 zu VB § § 155-162a StG /ZH).

Eine andere Lösung wäre mit der Rechtssicherheit nicht vereinbar. Frühere Beurteilungen der Steuer (justiz) behörden könnten in späteren Steuerperioden immer wieder infrage gestellt werden (vgl. Blöchliger, a.a.O., S. 580); über Verluste erginge nie eine definitive Entscheidung. Die steuerpflichtige Person würde dadurch in die Lage versetzt, in neuen Steuerperioden auf vormals akzeptierte Beurteilungen und eigene Erklärungen zu Bestand und Höhe von Verlusten zurückzukommen, was in Spannung geriete zum Grundsatz von Treu und Glauben und dem daraus folgenden Verbot widersprüchlichen Verhaltens ( Art. 5 Abs. 3 BV ; BGE 97 I 125 E. 3 S. 130 f.; Urteil 2C_475/2008 vom 1. Juli 2009 E. 3.3 mit Hinweisen).

3.4.3. Davon zu unterscheiden ist die Situation bei einer Nullveranlagung: Ergibt sich aufgrund der Verlustverrechnung eine Nullveranlagung, fehlt es der steuerpflichtigen Person in der Folge an einem Feststellungs- oder einem andersartigen Rechtsschutzinteresse, das sie zur Anfechtung des Entscheids und Geltendmachung eines allfälligen überschiessenden Verlustvortrages berechtigen könnte (vgl. dazu jüngst BGE 140 I 114 E. 2.4.1 S. 119 f. mit Hinweisen). In diesem Fall ist die Höhe des für die Nachfolgeperiode massgebenden verbleibenden Verlustvortrags folglich in der Nachfolgeperiode zu prüfen (Urteil 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65).

3.5. Zusammenfassend ergibt sich demnach, dass an der bisherigen Praxis festzuhalten ist. Die Beschwerde erweist sich als begründet, der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. April 2012 zu bestätigen.

Die von der Beschwerdegegnerin erhobenen Rügen dringen nicht durch. Zusätzlich zu den bisherigen Ausführungen ist darauf hinzuweisen, dass sich die Rechtskraft des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 18. November 2009 entgegen der Beschwerdegegnerin nicht durch allfällige Vorbehalte auf den Akontozahlungen beseitigen lässt.

4. Dem Ausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen ( Art. 66 Abs. 1 BGG ). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet ( Art. 68 Abs. 3 BGG ). Die Festsetzung der Kosten des kantonalen Verfahrens wird der Vorinstanz übertragen ( Art. 67 BGG ).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. April 2012 bestätigt.

2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.

3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.

4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 29. April 2014

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung

des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Egli